1998年丘小庆应聘至四川大学华西临庆医学院，担任教授，这里对于丘来说，并不陌生。虽然他未在华西接受过学历教育，但母亲曾在该学校工作，且职位不低，华西临床医学院也算是他另一种意义上的母校。
　　回国之前，他在美国纽约Albert　Einstein医学院实验室做博士后研究5年。他昔日的同事Karen　Jakes教授对本报记者称，在一个实验室呆上这么久并不容易，当时丘主要从事colicin　Ia（大肠菌素）研究，“很谨慎”，与现在的研究运用了同一蛋白。
　　“造假”风波甫出，许多华西师生都很快注意到了。而在他们之前的印象中，这位教授51岁，胖，即使在秋天也因为怕热只穿短衣短裤，几乎被公认为才华横溢的科学家。
　　而他与他的发明———PH－SA最为流传的典故是，他曾亲自在自己胳膊上划出10厘米长的伤口，先以细菌感染，再以PH－SA杀菌，一周后，伤口神奇地痊愈。这个以身试药的情节，在2004年4月华西临床医学院举办的一次大型博览会的筹备期间被刊出，引得赞叹如潮。为了造势，PH－SA发明则被列为当时学院重点推介的成果之一。
　　华西临床医学院一位教授，则对丘小庆科研工作的勤奋印象深刻，他说，最初回国时，实验条件并不完善，为了在几个实验室间来回检测，丘经常骑自行车背着一个大背兜，里面全是丁零哐啷的实验器皿，来回奔波。因此落得个“背兜科学家”的称呼。
　　丘孤身一人回国，在华西临床医学院家属区有一套学校分配的房子，但很少回去，更多的时候留宿实验室，床就搁在仪器旁。
　　“他对实验的热情和投入令人钦佩，对学生要求也很苛刻，有些他带的硕士生被吃苦吓得跑光了。”四川大学一位教授的回忆说，“我听他说过，自己这套研究在国外不受重视，所以才决心回来，而且一定要做出来。”据称自1998年到2001年，整整三年多，丘没有发表过一篇论文，就憋着这股劲。丘小庆也曾在不同场合表达过对四川大学的感谢，给予他的研究足够的时间和耐性。
　　更多四川大学的学生则是通过丘小庆诙谐有趣的讲座对他产生好感。除了学术问题，他会滔滔不绝地讲述自己在南美神秘的亚马逊热带雨林捉蟒钓鱼的经历，引得台下啧啧赞叹。至今，他还在身边养着一条巨蟒作为宠物，是藏在怀里从国外带回的，并亲切地唤其“安妮”，这是他国外女儿的名字。他喜欢两栖爬行动物，实验室的鱼缸里，养着硕大的巨骨舌鱼。他喜欢油画，画了十余年，还制作过北洋水师定远舰模型。
　　在PH－SA声名日隆后，科技部、国家自然科学基金相继资助，商业合作开发正如火如荼的时候，丘某些率性的做法也招致了一些微词，“我就听说，在一些科研基金和商业合作的分配上，与学院有一些分歧”，川大一位老师谨慎地说。但基于其科研地位和能力，这样的分歧往往妥协了事，因此川大有些教授总是不无羡慕地说，“华西临床医学院对丘教授实行的是一校两制。”
　　他曾不止一次表白，“我是一位生物学家，科考家，曾经是一位不错的内科医生，将来想成为一位诗人、画家。”